冷凝器极易结垢，正常在供冷期应该做日常水处理，否则在高硬度水质的环境下运行，循环水系统内溶于水中的无机盐就会随着温度的升高结晶析出，在冷凝器换热面管壁上形成水垢，导致热交换效率降低。同时硬垢增加，则能耗上升，结硬质水垢1mm厚时会增加6%~10%。
由于水的泥土、泥沙、腐殖物形成污垢，加上细菌、藻类等微生物及其分泌物形成的生物粘泥，会附着在冷凝器换热管壁上形成泥垢，严重时造成管路堵塞；而污垢、粘泥会影响热交换效率，多耗电能，造成高压运行，严重时造成超压停机。所有这些严重地影响了冷凝器的正常运行。
冷凝器清洗分为物理清洗和化学清洗
物理清洗主要是采用软轴毛刷清洗。软轴是靠清洗机的电机带动转动的，软轴最前方有一根尼龙毛刷，使用时将软轴及毛刷伸入冷凝器铜管内，通过高速旋转前进的毛刷来清除铜管内的污垢，最后用清水冲洗，这种机器叫做通炮机。 物理清洗的优点是省去化学清洗液的费用，避免了化学清洗后废液的处理问题，不易引起冷凝器铜管的腐蚀，缺点就是对于粘结性强的硬垢和腐蚀产物，清洗效果不好，而且清洗操作比较费时费力。
如果结垢为硬质水垢，应进行化学清洗，物理方式无法将水垢除去。为了使冷凝器在最优化状态下运行，就必须对冷凝器进行专门的化学药物处理，清除水垢、锈蚀、粘泥、杀菌和防腐蚀处理，还原成清洁的金属表面。
1、将冷却水进出冷凝器的阀门关紧，利用温度计管、压力表管或排污管连接防腐泵、配液箱做成小循环系统，循环清洗。 2、先加入酸洗缓蚀剂，此药剂为专用铜缓蚀剂，它附着在冷凝器金属内壁上，防止酸和金属发生反应。 3、加入固体酸洗清洗剂，用于清洗碳酸钙垢为主要成份的水垢，清洗剂是复合固体有机酸，白色晶体，对金属的无腐蚀性，为弱酸；清洗剂用量按设备结垢量而定。 4、加入泥垢剥离剂（可选），如果冷凝器设备结垢较厚时，需要添加泥垢剥离剂，促进水垢反应后的生成物快速溶于水，加快深层水垢反应。 5、加入中和钝化剂，在冷凝器进行化学清洗后，中化残酸，防止金属表面氧化而生成二次浮锈。 A、清洗温度：一般采用常温清洗，如果结垢较厚可以在 40 ℃ ~ 50 ℃清洗以提高清洗速度。 B、将进出机组的阀门关上，利用压力表或温度计管、防腐泵、酸液箱连成清洗循环系统。清洗时先加入缓蚀剂，缓蚀剂循环均匀后缓慢加入有机酸，清洗中应定时检测反应情况，清洗剂不足时需补足，以保证有足够的酸液和水垢反应， 清洗中按水垢反应情况， 可加入适量泥垢剥离剂、消泡剂等。 D、冷凝器清洗后还需要加入中和钝化剂，中和残酸，以防止金属内壁氧化。 E、冷凝器清洗时间为5~10小时左右，按实际情况而定。
